Alla flyg som hör till Lufthansa Group har ställts in. Det rör såväl Lufthansas egna plan som alla plan som hör till dotterbolagen Austrian Airlines, Brussels Airlines och Swiss International. Lufthansa driver också lågprisbolaget Eurowings.
Totalt har Lufthansa omkring 700 plan.
Flygtrafiken till Frankfurt dirigeras nu om till andra flygplatser som Köln och Düsseldorf. I och med att så många inte kan lyfta som planerat har det blivit fullt på start- och landningsbanorna
Passagerare på tyska inrikesflyg uppmanas att ta tåget i stället.
En talespersonen för Lufthansa säger till Bloomberg att bolaget undersöker vad som ligger bakom felet. Ännu är det för tidigt att fastslå om det rör sig om en cyberattack som den som drabbade SAS på tisdagen.
Lufthansas aktie föll 2,3 procent på Frankfurtbörsen efter beskedet om stoppet.